“十一五”期間本市海洋事業發展取得了較好成績，總體上完成了“十一五”規劃確定的各項目標和任務，但與上海加快推進“四個率先”、加快建設“四個中心”的要求相比，還有一定差距，突出表現在：
　　1、海洋產業結構有待進一步優化
　　本市海洋交通運輸和船舶工業等傳統海洋產業受國際金融危機影響明顯，海洋工程、海洋新能源開發和海洋生物醫藥等海洋高科技產業所占比重較低，發展速度較慢，海洋航運服務、濱海旅游和海洋信息服務業配套設施薄弱。
　　2、海洋科技創新有待進一步突破
　　由于本市眾多涉海科研機構分屬不同部門，科研力量較為分散；海洋產業核心技術的自主創新能力依然較為薄弱；海洋防災減災、海洋環境保護、海域海島使用等關鍵技術與公共服務的新要求差距較大。
　　3、海洋環境保護有待進一步加強
　　長江入海污染物總量仍然較高；長江來沙量銳減，河口海岸帶灘涂濕地面積呈減少趨勢；海洋資源和環境承載力有所下降；近海生物多樣性有所降低；船舶溢油和化學品泄漏等事故的潛在風險依然存在。
　　4、海洋管理能力有待進一步提高
　　上海市海洋局與水務局合署辦公的新體制2009年剛建立，海洋基礎工作相對薄弱；海洋管理裝備和公共服務平臺缺乏；海洋法律法規和規劃有待進一步完善。
　　二、“十二五”發展思路
　　(一)發展形勢分析
　　進入21世紀以來，海洋經濟作為未來開發新資源、開拓新產業的重要領域，已成為世界經濟發展的重要主題之一。從國際層面看，世界海洋經濟快速增長，海洋科技驅動日益強勁，海洋開發呈現高層次發展趨勢。從國內層面看，國家提出“發展海洋經濟”戰略，要求堅持陸海統籌，制定和實施海洋發展戰略，提高海洋開發、控制、綜合管理能力，目前全國海洋經濟區域布局基本形成，海洋產業結構不斷調整，沿海省市海洋經濟持續發展。尤其是上海臨近的江蘇、浙江等省加快了海洋經濟發展步伐，《江蘇省沿海開發總體規劃》、《浙江海洋經濟發展示范區規劃》等規劃都已上升為國家戰略。“十二五”時期是上海“創新驅動、轉型發展”的關鍵時期，提升產業能級，推進節能減排、應對氣候變化、保障生態安全，對海洋綜合管理和公共服務提出了更高的要求。
　　1、加快海洋經濟發展面臨建設“四個中心”、率先轉變經濟發展方式的難得機遇
　　大力建設“四個中心”、率先實現經濟發展方式轉變是黨中央、國務院對上海發展的殷切期望，是提高國家整體競爭力的重大戰略舉措。加快上海海洋經濟發展，充分發揮上海黃金海岸與黃金水道交匯的區位優勢，優化調整海洋產業布局，轉變海洋經濟發展方式，提高海洋經濟內在質量，是促進上海經濟社會又好又快發展的重要舉措。
　　2、加強海洋環境保護面臨推進節能減排、保障生態安全的更高要求
　　上海地處流域下游，東海之濱。海域環境受長江來水、錢塘江來水、蘇北沿岸流和沿岸排水的共同影響，影響因素多，保護難度大。隨著長江流域和長三角地區經濟社會快速發展和人口集聚，入海污染物排放將會進一步增加，要達到國家更高減排目標，保障河口海洋生態安全，控制削減入海污染物排放面臨更大壓力。
　　3、推進海洋科技創新面臨進一步提高核心競爭力、加快成果轉化的更大挑戰
　　上海海洋科技力量雄厚，在高技術、高附加值的海洋產業領域有條件形成較強的競爭力，需要緊密圍繞“科教興市”戰略，堅持“需求牽引，推進創新”原則，進一步整合平臺、共享資源，完善海洋科技創新體系，增強海洋基礎科學研究能力，提高海洋核心技術自主研發水平，加快海洋科技創新成果應用和產業化，更好地發揮海洋科技對海洋經濟、海洋管理、防災減災和海洋安全的支撐和引領作用。