他認為一些地區出現了戰略性新興產業發展同質化的苗頭。這容易引發價格戰、地方保護主義乃至市場的人為分割等惡性競爭行為，導致資源無法有效整合。“實際上，我們發展戰略性新興產業最大的優勢就是規模巨大的市場。某些地方政府封鎖本地市場的行為實際上是削弱我們自身的優勢。因此，地方政府在發展戰略性新興產業方面，要有所為有所不為。”
　　在談到注重優化政策環境，激發市場主體積極性的問題時，馮飛表示，“我們在調研中發現體制機制問題已經束縛了創新主體的手腳，制約了創新。”地方政府過度追求新興產業的規模，以及市場準入，新藥品的審批、三網融合、空域管理等和體制機制問題有關系。國務院常務會議強調優化政策環境很有必要。
　　2010年發布的《國務院關于加快培育和發展戰略性新興產業的決定》提出，我國計劃用20年時間，使節能環保、新一代信息技術等七大戰略性新興產業整體創新能力和產業發展水平達到世界先進水平，為經濟社會可持續發展提供強有力的支撐。