福建沿岸及海域。該區域發展的功能定位是兩岸交流合作先行先試區域、服務周邊地區發展新的對外開放綜合通道、東部沿海地區先進制造業的重要基地、我國重要的自然和文化旅游中心。“十二五”時期建設重點是：加快發展游艇帆船等高端旅游，積極拓展閩臺旅游合作，共同打造“海峽旅游”品牌。積極開展閩臺漁業協作，建設生態型海水養殖和海產品精深加工基地，打造全國重要的海水養殖優質品種制種和遺傳育種基地。加強廈門港集裝箱干線港建設，加快建設連接兩岸及港澳、服務中西部地區發展的海峽西岸港口群，積極發展國際物流，構建現代港航物流體系。優化發展船舶修造、海洋工程裝備設計研發和制造、海洋精細化工等產業。積極推進海上風電等海洋可再生能源開發，推進閩臺新能源合作。加快培育海洋藥物和生物制品業，推進廈門、福州、泉州等海洋藥物及生物制品生產基地建設。積極發展海水利用業，實施海水淡化和海水綜合利用高技術產業化示范工程。以區域特色海洋文化資源為依托，積極培育海洋文化創意產業。加強沿海港灣、近海島嶼保護，加強入海河流小流域污染綜合整治和近岸海域污染防治。
　　珠江口及其兩翼沿岸及海域。該區域發展的功能定位是提升我國海洋經濟國際競爭力的核心區、促進海洋科技創新和成果高效轉化的集聚區、加強海洋生態文明建設的示范區、推進海洋綜合管理的先行區。“十二五”時期建設重點是：加強粵港澳郵輪航線合作，打造世界郵輪旅游航線重要節點，積極發展新興旅游項目，重點建設南澳島、惠東巽寮、紅海灣等一批海洋綜合旅游區，建成國際高端旅游目的地。以廣州、深圳、湛江、珠海、汕頭等主要港口為依托，打造世界級港口群和國際物流中心。加快深海油氣資源勘探、開發、儲備和綜合加工利用，推進廣州、深圳、珠海、湛江、惠州等地深海油氣資源開發裝備研究、生產基地建設，在汕頭、南澳海域適度開發海上風電。支持廣州提升大型船舶制造基地自主設計制造能力；大力發展船舶配套產業，建設廣州、江門船舶配套基地；積極發展游艇制造業，重點建設珠海、東莞、中山等游艇制造基地；積極發展深海勘探和開發設備、海洋新能源開發設備等海洋工程裝備制造業。積極拓展深水大網箱等海洋離岸養殖，加快發展水產品加工流通業，建成一批水產品加工基地和物流中心。充分利用南海海洋生物資源優勢，重點發展海洋藥物和生物制品。嚴格控制珠江口圍墾，保護河口和海岸濕地，加強典型海洋生態系統、珍稀瀕危物種和重要漁業資源的保護。
　　廣西北部灣沿岸及海域。該區域發展的功能定位是中國—東盟開放合作的物流、商貿、先進制造業基地和信息交流中心、重要的國際區域經濟合作區。“十二五”時期建設重點是：大力推廣生態養殖，鼓勵發展珍珠、海水名貴魚等特色品種養殖，建立紅樹林區生態養殖示范基地；實施海水養殖苗種工程，加快建設水產原良種場和遺傳育種中心；加快發展水產品精深加工及配套服務業，建設水產品冷凍加工基地。建設廣西北部灣沿海港口，規劃建設一批萬噸級以上泊位和深水航道，完善西南地區出海大通道的交通基礎設施。進一步培育集裝箱干線航線，開辟對東盟國家的航線，探索開辟遠洋國際航線。積極開發多層次的海洋旅游精品，發展以游艇和帆船為主的海上運動休閑旅游，建立環北部灣濱海跨國旅游區。加快海島旅游開發，重點推進潿洲島整體開發和海島生態修復。積極發展海洋油氣業，加大對北部灣盆地的勘探力度，提高對鶯歌海盆地海洋油氣資源的開采、儲存和加工能力。加強紅樹林生態系統的保護和修復，構建海岸生態防護帶，加強海洋保護區建設。
　　海南島沿岸及海域。該區域發展的功能定位是我國旅游業改革創新的試驗區、世界一流的海島休閑度假旅游目的地、全國生態文明建設示范區、國際經濟合作和文化交流的重要平臺、南海資源開發和服務基地、國家熱帶現代農業基地。“十二五”時期建設重點是：加快海南國際旅游島建設，積極開發濱海度假、海洋觀光、海島休閑、郵輪游艇、海上運動等特色旅游項目。規范中沙群島、西沙群島旅游開發活動，建設熱帶海島風情休閑度假基地。發展熱帶休閑和觀賞漁業，推進西沙漁業生產服務基地和海洋水產種質資源保護區建設。建設海南三亞珊瑚礁自然保護區生態教育基地和珊瑚礁修復基地。重點建設海口、洋浦、八所等港口，完善港口功能和配套設施，打造面向東南亞的航運樞紐、物流中心和出口加工基地。加大瓊東南盆地深水領域的油氣勘探開發力度，鼓勵發展商業石油儲備和成品油儲備。加大對南海海洋礦產資源勘查開發力度。結合海島供能系統建設，開發海上風電和海洋能等。加強紅樹林、珊瑚礁、海草床等典型生態系統與生物多樣性保護。
　　第四節　海島開發與保護
　　深入貫徹《中華人民共和國海島保護法》，認真實施《全國海島保護規劃》，統籌海島保護、開發與建設，嚴格規范海島開發利用秩序，強化海島分類管理，實現海島的合理開發與可持續利用。
　　重點開發三大海（群）島。根據國家區域發展總體戰略，統籌考慮海島的區位條件、發展潛力和生態環境容量，重點開發浙江舟山群島新區、福建平潭綜合實驗區和廣東橫琴島。浙江舟山群島新區重點發展港口物流業、高端船舶和海洋工程裝備制造業、海洋可再生能源業、現代海洋漁業和海洋旅游業，集中建設戰略性資源儲備中轉基地、大宗商品國際物流基地，將其打造成為我國大宗商品國際儲運中轉加工交易中心、東部地區重要的海上開放門戶、海洋海島綜合保護開發示范區、重要的現代海洋產業基地、陸海統籌發展先行區。福建平潭綜合實驗區重點發展高新技術產業、海洋產業、旅游業和現代服務業，積極開展兩岸產業合作，加強兩岸關鍵產業領域與核心技術聯合研究開發，建設海峽西岸高新技術產業基地、現代服務業集聚區、海洋經濟示范基地和國際知名的海島旅游休閑目的地，將其打造成為兩岸交流合作的先行區、體制機制改革創新的示范區、兩岸同胞共同生活的宜居區、海峽西岸科學發展的先導區。加快廣東橫琴島開發建設，重點發展商務服務、休閑旅游、科教研發和高新技術等產業，建設粵港澳地區的區域性商務服務基地、與港澳配套的國際知名旅游度假基地、珠江口西岸的區域性科教研發平臺、融合港澳優勢的國家級高新技術產業基地，將其建設成為“一國兩制”下探索粵港澳合作新模式的示范區、深化改革開放和科技創新的先行區、促進珠江口西岸地區產業升級發展的新平臺。