近年來，我國新能源產業的快速發展是建立在國內外資金快速投入的基礎之上，在關鍵工藝、設備和原材料供應方面，仍嚴重依賴進口，技術落后除造成價格無法下降、競爭力薄弱外，還容易引發環境污染問題，特別是目前國內大多數高純多晶硅企業仍面臨物料閉路循環和廢液廢氣污染物回收處理等方面的技術瓶頸，存在四氯化硅副產品的環境污染風險，成為中國高純硅行業發展的重大制約因素。光伏產業特別是上游多晶硅環節發展時間短，在發展初期由于技術尚未完全掌握，部分企業存在能耗高、副產物得不到充分利用等問題，光伏產業戴上了所謂“雙高”的帽子。多晶硅生產的副產物主要為四氯化硅，1噸多晶硅對應10—20噸四氯化硅，四氯化硅廢液如果直接排放處理會對環境造成極大危害。
　　而目前國內的現狀是大多數光伏企業規模較小，為了節約成本，沒有采用最先進的生產工藝和設備，也沒有對污染物進行無害化處理，從而導致了一系列環境問題。2011年9月19日下午，晶科能源召開緊急發布會，就其浙江海寧工廠的污染問題予以解釋，并證實公司確實存在污染，已全面停產1.2G瓦的電池生產線。據浙江電視臺報道，晶科附近河道水質氟化物超標10倍，而國內有些光伏企業周圍河流的氟化物超標可能達到100倍。杜絕光伏產業中的污染問題，技術不是關鍵，成本才是問題的核心。處理污染物要求企業采用先進的生產工藝，這將會大幅增加光伏企業的生產成本，對于競爭激烈的光伏產業而言，大多數中小企業不愿意承擔這樣的成本，從而導致污染問題難以杜絕。另外，城市中的光伏電池表面玻璃和太陽能熱水器集熱器在陽光下反射強光，會形成光污染，也會給周邊人群帶來影響。生物質能發電時木料燃燒造成的溫室氣體排放甚至超過了煤炭。
　　三、資源保障問題
　　我國應當走以廢棄物和纖維素為原料的生物質能源發展之路，但目前技術尚未成熟。
　　我國人多地少、糧食自給率低的現實國情注定了我國不能用糧食制作燃料乙醇，生物質能“與糧爭地”的矛盾在我國尤其突出，這一實際情況決定了我國應當走以廢棄物和纖維素為原料的生物質能源發展之路，但目前技術尚未成熟。對于一個人口大國而言，糧食安全必須優先得到保障，尤其是在近年來耕地面積逐步下降與自然災害頻發的背景下，玉米制備乙醇的紛爭，很大程度上可以歸結為養人還是喂車，而答案不言自明。盡管有著廣闊豐富的農林基礎條件，但農業生產水平不平衡與效率低下，讓原料的質量與收集難以保證，隨著收集半徑增大，運輸成本越來越高。秸稈、皮殼用作柴火或直接焚燒的粗放形態隨處可見。而各地日益嚴重的水土流失及導致的塌方、泥石流等地質災害，也在提示著林業生物質能的局限。受干旱、洪澇等自然災害的影響，資源也不穩定。
　　此外，我國已經開展的新能源資源評價工作和已獲得的新能源資源評價數據，仍不能滿足高效、規模化開發利用新能源的需要。太陽能和風能資源的評價結果，只是根據現有氣象站點的觀測結果得出的大致資源總量和分布數據，在全面性、可信性、可用性等方面均有較大的局限性，對制定相關發展戰略規劃和實施有關開發利用項目的支持有限。在生物質能資源評價方面，目前對現有農林和工業廢棄物的資源量估算有一定的基礎，但仍停留在“紙上談兵”階段，可利用土地、優良能源植物品系、可用水資源條件、生物多樣性影響等方面也沒有系統全面的研究，并缺乏實際數據的驗證。地熱能、海洋能資源數據也大多是粗略估算的結果。
　　四、政策滯后問題
　　我國沒有真正建立“市場配置資源，供需形成價格”的現代電力市場體制，電價形成機制還不完善，極大地制約了我國新能源的分散式開發。
　　目前，新能源發展中還存在許多政策障礙，阻礙了其效率的提高和市場的擴張。如在新能源的技術標準方面，國外十分重視新能源標準制定，歐洲各國都對新能源并網提出了嚴格的技術要求，并通過立法建立了嚴格的新能源并網檢測制度，確保并網新能源滿足技術標準要求。縱覽海外風電市場的成長軌跡，許多國家都是事先明確了風電優先上網、政府補貼電價、可再生能源配額方式等產業規劃，此后再著手風電技術的孵化工作。在這些要素得到夯實的基礎上，發達國家才敞開產業發展的大門，放手新能源電力規模化發展。顯然，我國風電行業正是因為忽略了對入門要素的培育工作，才導致如今進退維谷的兩難境地。我國新能源并網政策和技術標準與新能源發展缺乏有效銜接，包括風電場接入、并網檢測、調度運行三方面的風電并網技術標準，目前僅有部分國家和行業標準正在開展工作，并網標準滯后，標準體系尚不完善。風電的發展缺失風機制造、質量保證體系標準，缺失安裝運營、維護管理以及與國情相適應的實時檢測和故障診斷的技術標準。
　　目前新能源“并網難”的根本原因在于集中式開發模式，但世界各國通行的新能源分散開發在我國還面臨著一系列體制機制障礙，尤其是我國還沒有真正建立“市場配置資源，供需形成價格”的現代電力市場體制，電價形成機制還不完善，極大地制約了我國新能源的分散式開發。按照“廠網分開”的電力改革基本思路，經營輸電網的企業屬于自然壟斷企業，其任務是為所有發電商和用電戶提供公共服務，不以多盈利為經營目標。然而，現實情況卻是，電網企業的收入仍然是全部來自發電環節與終端銷售環節之間的“價差”。新能源“自發自用”一度電，則直接導致電網企業減少一度電的價差收入。在電網企業應得收入總量及其保障機制尚未落實的情況下，電網企業不愿接受千家萬戶自建的分布式新能源發的電，不同意實行這種全世界都已經普及的“自發自用”模式。